За время работы в Институте Б.Е. Штерн занимался оптимизацией больших детекторов частиц для ускорителей и космических лучей путем численного моделирования, обрабатывал данные экспериментов, проводил численные исследования теоретико-полевых моделей. В последнее время занимался астрофизикой высоких энергий, в частности, рентгеновским излучением активных ядер галактик, гамма-всплесками, гамма-излучением блазаров. Предложил и исследовал совершенно новый механизм диссипации релятивистских потоков в гамма-излучении.

Научная работа Б.Е. Штерна получила широкую известность и признание в России и за рубежом. Имеет более 50 работ, опубликованных в ведущих реферируемых журналах с суммарным числом цитирований около тысячи. Неоднократно выступал с докладами на международных и научных конференциях.

Один из основателей и главный редактор популярной в научном сообществе газеты «Троицкий вариант». Организатор портала Scientific.ru — неофициального научного сетевого ресурса, руководитель проекта «Кто есть кто в российской науке», инициатор создания корпуса независимых научных экспертов.

Автор книг «Прорыв за край мира» — Троицкий вариант, 2014. — 324 с., «Ковчег 47. Либра» — Троицкий вариант, 2016. — 348 с.

Автор стихов, с которыми можно познакомиться по ссылке www.scientific.ru/hobby/st1.htm.

Человек года (2011)

Почетная грамота Главы города Троицка (2010)

Памятная медаль «100 лет со дня рождения Л.Ф. Верещагина» (2009) «За профессионализм, самоотверженный труд на благо города Троицка, вклад в развитие научных исследований»